フリーランスエンジニアとして活動していて、「税務調査なんて大企業の話」「自分の売上規模ならまず来ない」「まだ独立したばかりだから大丈夫」と思っていませんか？
実はその油断が、最も危険です。
国税庁が毎年公表している調査結果によると、個人事業主への税務調査は法人よりも件数こそ少ないものの、申告漏れが発覚した場合の追徴税額の割合は決して低くありません。
近年はインボイス制度の導入や電子帳簿保存法の整備により、税務署がフリーランスの所得を把握する精度は年々上がっています。
●参照：国税庁 令和5事務年度 所得税及び消費税調査等の状況
この記事では、フリーランスエンジニアが税務調査を見据えて押さえておきたいポイントを、経費・節税の正しい知識や調査が来たときの対処法とあわせて解説します。
名古屋を拠点にIT事業者の税務を専門とする当事務所の視点から、実務に即した情報をお届けします。
このページの目次
1.フリーランスエンジニアが税務調査を見据えて注意したい5つの点
フリーランスエンジニアという働き方には、税務上のリスクが生じやすいポイントがいくつかあります。
税務調査を見据えて、事前に把握しておきたい5つの点を整理します。
① 所得が複数のルートから把握されていることを理解しておく
フリーランスエンジニアは複数のクライアントから業務委託報酬を受け取るスタイルが一般的です。
給与所得者と異なり源泉徴収されない報酬が複数社から入るため、申告漏れが生じやすい傾向があります。
税務署が所得を把握するルートは主に2つです。
ひとつは取引先企業への税務調査です。
企業の外注費・経費を調査した際、支払先のフリーランスエンジニアのリストが把握され、確定申告の内容と突き合わされます。
特に大手企業・上場企業との取引がある場合、そのクライアントが調査を受けると連動してチェックが入る可能性があります。
そして、もうひとつはインボイス登録番号です。
2023年10月に開始したインボイス制度により、適格請求書発行事業者の登録番号と取引情報が紐付けられるようになりました。
登録情報は国税庁の公開データベースに掲載されており、取引の透明性が以前より高まっています。
「自分が申告していなくても税務署にはわからない」という認識は、現在の税務環境においては通用しないと考えておくことが重要です。
② 経費の範囲を曖昧にせず、業務関連性を明確にしておく
PC・通信費・技術書・クラウドサービスなど、プライベートと業務の境界が曖昧になりやすい経費が多いのがエンジニアという職種の特徴です。
按分基準が不明確なまま全額計上しているケースは、調査時に経費を否認されるリスクが高まります。
重要なのは「なぜこの経費が業務に必要だったか」を説明できる状態にしておくことです。領収書・契約書などの証憑を保管するのはもちろん、按分の根拠（業務使用時間の割合など）も記録しておくことが望ましいです。
なお、税務署の経費に関する具体的な選定基準は公表されていませんが、業務関連性が説明できない経費は調査時に否認される可能性があります。
経費の詳しい判断基準については次のセクション「エンジニアの経費：認められるものと否認されやすいものを整理」で解説します。
③ 本業・副業を問わず、売上はすべて正確に管理する
会社員をしながら副業でエンジニア案件を受けているケースや、複数のプロジェクトを並行して受注しているケースでは、入金タイミングがバラバラになりやすく、売上の計上漏れや時期のずれが起きやすくなります。
売上の計上基準は「入金日」ではなく「役務提供が完了した日」が原則です。
具体的には納品・検収完了日が基準となりますが、請求書の発行日と一致するケースも多くあります。
入金ベースで管理していると、年度をまたぐ案件で計上時期がずれるケースがあります。
副業収入も含め、すべての売上を正確に記録・管理する習慣が、申告ミスを防ぐ最も基本的な対策です。クラウド会計ソフトの活用も有効です。
各クラウド会計サービスの詳細については、以下の記事もあわせてご確認ください。
④ 確定申告は必ず行い、必要に応じて税理士に依頼する
フリーランスエンジニアとして一定以上の所得がある場合、確定申告は法律上の義務です。
申告を行わなかった場合や内容に誤りがあった場合、税務調査で発覚すると本税に加えて以下のペナルティが課されます。
【申告漏れ・納税遅延に課されるペナルティ一覧】
※令和8年現在の数字です。延滞税の税率は毎年見直されます。
申告漏れや誤りに気づいた場合、税務調査の通知前に自主的に修正申告・期限後申告を行えば、過少申告加算税は5%に軽減、無申告加算税は5%または免除となります。
気づいた時点での早期対応が最も有効な対策です。
●参照：e-Gov法令検索 国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第六十五条
●参照：e-Gov法令検索 国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第六十八条
なお、青色申告の活用や小規模企業共済・iDeCoなど、具体的な節税手段については「4.エンジニアが実践すべき節税対策」で解説します。
売上が増えてきたタイミングや、申告内容に不安がある場合は、税理士への依頼を検討することをお勧めします。
税理士が関与することで記帳・申告内容の正確性が高まり、万が一調査が入った際も適切に対応できます。
⑤ 売上1,000万円前後は消費税の納税義務判定ラインとして特に注意する
消費税の課税事業者となる基準は、課税売上高1,000万円です。
売上がこのラインに近づいてきた場合、消費税の申告義務が発生するかどうかを正確に把握しておく必要があります。
判定の基準となるのは「2年前の課税売上高」です。
たとえば2025年の課税売上高が1,000万円を超えた場合、2027年から消費税の申告・納付義務が生じます。
このタイミングを把握せずに申告を怠ると、消費税の無申告という状態になります。
なお、インボイス登録をしている場合は売上規模にかかわらず課税事業者となる点にも注意が必要です。
詳細は「① 所得が複数のルートから把握されていることを理解しておく」をご参照ください。
売上が1,000万円前後になってきたタイミングは、消費税の取り扱いを税理士に確認する良い機会です。
売上が1,000万円に届きそうになったタイミングは、消費税対応・インボイス・節税設計など、税務上の論点が一気に増える時期です。
まずは一度、名古屋市の山本聡一郎税理士事務所にご相談ください。初回相談無料です。
2.エンジニアの経費：認められるものと否認されやすいものを整理
フリーランスエンジニアにとって、経費の判断は「これは落としていいのか」と迷う場面の連続です。
PCや通信費、自宅家賃など、業務とプライベートの境界が曖昧になりやすい費目が多いのがエンジニアという職種の特徴です。
経費として認められるかどうかの核心は「業務関連性があるか」と「証憑が揃っているか」の2点です。
この2点を押さえたうえで、認められやすい費目・グレーゾーン・否認されやすいケースの3つに分けて整理します。
経費として認められる主な費目
エンジニアの業務に直結する以下の費目は、領収書と業務関連性の説明があれば基本的に経費として認められます。
ただし「業務専用かどうか」が判断の分かれ目になるため、プライベートとの兼用がある場合は次のグレーゾーンの扱いになります。
按分が必要なグレーゾーン
業務にもプライベートにも使っている費用は「按分」が必要です。
按分とは業務使用割合に応じて経費計上できる金額を算出することで、その根拠（使用時間の記録など）を説明できるよう手元に残しておくことが重要です。
按分なしで全額計上した場合、調査時に否認されるリスクがあります。
否認されやすい経費
以下は調査時に指摘を受けやすい、または原則として経費として認められないケースです。
「経費にできると思っていた」という思い込みが、調査時に大きなリスクになることがあります。
計上する前に根拠を確認しておくことが重要です。
| 経費項目 | 理由 |
| 領収書のない経費 | 証憑がなければ経費として認められないリスクが高い出金伝票は代替書類として使えるが証拠力が弱く、支払いの事実を裏付ける記録との併用が必要 |
| 按分せず全額計上した共用費用（PC・スマホ・自宅家賃・車など） | 業務専用でない場合の全額計上は否認対象になりやすい |
| 業務関連性が説明できない学習費 | 趣味・教養目的とみなされる場合は否認リスクあり |
| 旅行費 | 業務目的が証明できない場合は全額否認のリスクあり |
| 被服代（スーツ・靴など） | 業務専用と証明することが困難なため原則不可私服兼用のものは認められない |
| 個人事業主本人・家族専従者の健康診断費用 | プライベートな支出とみなされるため原則不可従業員の健康診断費用は福利厚生費として計上可 |
| 届出なしの家族への給与 | 生計を一にする家族への給与は青色事業専従者給与の届出が必要届出なしでは経費として認められない |
| 従業員がいない場合の福利厚生費 | 福利厚生費は従業員への支出が前提一人事業や家族経営の場合は原則として認められない |
●参照：国税庁 No.2075 青色事業専従者給与と事業専従者控除
3.エンジニアが実践すべき節税対策
フリーランスエンジニアの節税として、制度上の根拠がある手段を3つ紹介します。
青色申告特別控除（最大65万円）を活用する
青色申告を行い、複式簿記による帳簿と電子申告（e-Tax）を実施することで、最大65万円の特別控除が受けられます。
課税対象所得を65万円圧縮できるため、所得税・住民税の節税効果があります。
また、純損失の3年間繰越控除や、30万円未満の少額減価償却資産の即時全額経費化（措置法の特例）も利用できます。
小規模企業共済・iDeCoで所得控除を活用する
小規模企業共済は、小規模事業者の退職金のための積み立て制度です。
月最大7万円（年84万円）の掛け金が全額所得控除になり、個人事業主・フリーランスが加入できます。
iDeCo（個人型確定拠出年金）は、自分で掛け金を拠出・運用し、老後資金を積み立てる私的年金制度です。
自営業者の場合、国民年金基金との合算で月額6万8,000円（年間81万6,000円）が上限で、掛け金は全額所得控除の対象となります。
●参照：厚生労働省 iDeCoの概要
売上が多い場合は法人化を検討する
個人事業主と法人では税率構造が異なるため、所得の水準によっては法人化が有利になるケースがあります。
ただし法人化には登記費用・社会保険料の増加・事務負担の増加といったコストも伴います。
判断のタイミングと設計は個別の状況によって異なるため、税理士への相談を推奨します。
4.税務調査が来たら？当日の流れと対応のポイント
事前通知から調査当日までの流れ
税務調査は原則として事前通知があります。通知なしで行われる「無予告調査」は例外的なケースに限られます。
●参照：国税庁 税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）
●参照：e-Gov法令検索 国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第七十四条の十
準備すべき書類チェックリスト
- 現金出納帳・総勘定元帳（青色申告の場合）
- 銀行通帳（事業用・個人用すべて）
- 領収書・レシート（青色申告：7年分、白色申告：5年分）
- 請求書・契約書・発注書（原則5年分。インボイス該当分は7年）
- 確定申告書・青色申告決算書
- 源泉徴収票・支払調書の写し（受け取ったもの）
●参照：国税庁 個人で事業を行っている方の記帳・帳簿等の保存について
修正申告・追徴課税が発生する典型パターン
修正申告・追徴課税が発生する典型パターンとして最も多いのは「按分していない経費の全額計上」と「売上の計上時期のずれ（入金ベースではなく発生ベースで計上すべき売上の未計上）」です。
申告漏れや誤りが発覚した場合、本税に加えて加算税・延滞税が課されます。
各ペナルティの種類・税率・発生ケースについては上記「申告漏れ・納税遅延に課されるペナルティ一覧」をご参照ください。
5.エンジニアの税務調査に関するよくある疑問
Q. 売上がいくらから税務調査の対象になりますか？
法律上、売上の多寡にかかわらず、確定申告義務のある方は全員が対象となりえます。
税務署の選定基準は公表されていないため「○万円以上が対象」とは断言できません。
ただし、無申告・過少申告・経費の不自然な計上といった要素が重なるほど、調査の端緒となるリスクは高まると考えられています。
●参照：国税庁 令和5事務年度 所得税及び消費税調査等の状況
Q. 10年以上調査が来ていませんが、なぜですか？
税務署のリソースには限りがあり、調査件数にも限界があります。調査が来ていないことは「適正申告の証明」ではありません。
帳簿・証憑の保存義務（個人は原則7年）は調査の有無にかかわらず継続します。
保存期間については「5.税務調査が来たら？当日の流れと対応のポイント」の準備すべき書類チェックリストをご参照ください。
Q. 白色申告・少額売上でも調査の対象になりますか？
はい、対象となります。白色申告者も記帳・帳簿保存の義務があり、申告義務がある以上、調査の対象となりえます。
売上規模が小さくても、無申告や大幅な過少申告が疑われる場合は調査の対象となります。
●参照：国税庁 No.2080 白色申告者の記帳・帳簿等保存制度
まとめ：名古屋のITに強い税理士に相談を
エンジニアにとってのコードのバグと同じで、税務の問題も「早期発見・早期対応」が鉄則です。
申告漏れや経費の誤りは、放置するほど追徴税額と精神的な負担が膨らみます。
山本聡一郎税理士事務所は名古屋市を拠点に、フリーランスエンジニア・ひとり社長・スタートアップのIT事業者の税務顧問を専門としています。
freee・マネーフォワードなどクラウド会計ツールにも精通しており、エンジニアの方が使い慣れたツールをそのまま活用した記帳支援が可能です。
税務調査対応・節税設計・法人化の判断まで、IT業界の実務に即したサポートを提供しています。
まずは初回無料相談から！
お気軽にお問い合わせください。
※本記事の税率・制度情報は2026年10月時点の情報に基づいています。税制改正により内容が変わる場合がありますので、最新情報は国税庁ウェブサイトまたは専門家にご確認ください。
山本聡一郎税理士事務所 代表税理士。1982年7月生まれ。名古屋市中区錦（伏見駅から徒歩３分）にてMBA経営学修士の知識を活かして、創業支援に特化した税理士事務所を運営。クラウド会計 Freeeに特化し、税務以外にも資金調達、小規模事業化持続化補助金などの補助金支援に力を入れている。
