「フリーランスや小さな会社でも、補助金を使える？」
「申請したいけど、どこに相談すればいい？」
「補助金をもらったら、税金はどうなる？」
このように悩んでいる個人事業主・フリーランスや、ひとり社長などの小規模法人の方も多いのではないでしょうか。
小規模事業者持続化補助金（以下、持続化補助金）は、一定の要件を満たす小規模事業者であれば、個人事業主・フリーランスや小規模法人も申請できる国の補助金です。
ただし、申請窓口が地域によって分かれていたり、補助金が後払いだったりと、事前に知っておきたいポイントがあります。
この記事で解説するのは、愛知県・名古屋市で事業をしている個人事業主・フリーランスや小規模法人の方に向けた、持続化補助金の対象条件、申請窓口と流れ、2026年10月時点のスケジュールと注意点です。
持続化補助金は全国共通の国の制度ですが、相談先の商工会議所・商工会や創業支援の制度は地域によって異なるため、愛知県・名古屋市の窓口や支援制度に絞ってお伝えします。
補助金を受け取った後の確定申告や仕訳まで税理士の立場から解説しているので、ぜひ最後までご覧ください。
このページの目次
1.小規模事業者持続化補助金はフリーランスでも申請できる
結論から言うと、フリーランス・個人事業主でも持続化補助金に申請できます。
持続化補助金は、小規模事業者が自ら作成した経営計画にもとづき、販路開拓などに取り組むための経費の一部を国が補助する制度です。
対象となるかどうかは、業種ごとの「常時使用する従業員数」で判断します。
| 業種 | 常時使用する従業員数 |
| 商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く） | 5人以下 |
| 宿泊業・娯楽業 | 20人以下 |
| 製造業その他 | 20人以下 |
個人事業主本人や同居の親族従業員は、従業員数に含まれません。
また、持続化補助金は個人事業主だけの制度ではありません。
株式会社などの法人も、従業員数などの要件を満たせば対象になります。
一方、次の3点には注意が必要です。
- 開業前は申請できません。 申請時点で事業を行っている必要があります。開業届を提出していない個人事業主は、必要書類について事前に商工会議所・商工会へ確認しましょう。
- 給付金ではありません。 審査があり、申請すれば必ずもらえるものではありません。
- 経費の全額は補助されません。 補助率は原則3分の2で、自己負担が必要です。
自分が対象になるか迷う場合は、事業所の所在地を管轄する商工会議所・商工会に相談しましょう。
●参照：小規模事業者持続化補助金事務局 小規模事業者持続化補助金 ＜一般型 通常枠＞ ガイドブック
2.個人事業主が申請できるのは通常枠と創業型の2つ
個人事業主が申請を検討しやすい持続化補助金の主な類型には、「一般型・通常枠」と「創業型」があります。
対象となる事業者や補助上限額などが異なります。
| 項目 | 一般型・通常枠 | 創業型 |
| 対象 | 小規模事業者 | 特定創業支援等事業の支援を受け、締切前1年以内に開業した小規模事業者 |
| 補助上限 | 50万円（特例で最大250万円） | 200万円（インボイス特例で最大250万円） |
| 補助率 | 3分の2 | 3分の2 |
| 第20回・第4回の受付締切 | 2026年12月15日 | 2026年12月15日 |
通常枠と創業型は、同じ受付締切回に重複して申請することはできません。
通常枠には、インボイス特例（50万円上乗せ）と賃金引上げ特例（150万円上乗せ）があります。
ただし、従業員がいないフリーランスは賃金引上げ特例の対象外です。
インボイス特例には、適格請求書発行事業者への登録などの条件があります。
特例を使えるかどうかは、最新の公募要領と管轄の商工会議所・商工会で確認しましょう。
創業型は名古屋市の特定創業支援等事業による支援が必要になる
創業型は、補助上限が200万円と大きい一方で、単に開業してから1年以内であれば申請できるわけではありません。
第4回公募では、受付締切日である2026年12月15日から過去1年間の期間内に、「特定創業支援等事業による支援を受けた日」と「開業日（設立年月日）」の両方が含まれていることが要件です。
名古屋市では、名古屋商工会議所の窓口相談・創業塾、名古屋産業振興公社（新事業支援センター）の創業支援、あいち産業振興機構の「あいち創業ゼミ」、イーブルなごやの「女性起業家ビギナーズサロン」などが特定創業支援等事業に位置付けられています。
特定創業支援等事業は、1か月以上かつ4回以上の継続的な支援が基本です。
名古屋市の証明書も必要になるため、受講や証明書の取得方法は早めに確認しましょう。
●参照：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 第 20 回公募 公募要領
●参照：小規模事業者持続化補助金＜創業型＞ 第 4 回公募 公募要領
●参照：名古屋市 名古屋市創業支援等事業計画に関する支援施策
3.名古屋市・愛知県の申請窓口は商工会議所地区と商工会地区で分かれる
小規模事業者持続化補助金では、事業所の所在地によって、経営計画の相談や「事業支援計画書（様式4）」の発行を依頼する窓口が異なります。
名古屋市内では、次のように分かれています。
| 事業所の所在地 | 相談・様式4の発行窓口 |
| 下記以外の名古屋市内 | 名古屋商工会議所 |
| 守山区 | 守山商工会 |
| 緑区の大高地区 | 名古屋商工会議所 |
| 緑区の大高地区以外 | 鳴海商工会・有松商工会 |
つまり、「名古屋市内だから名古屋商工会議所」とは限りません。
守山区と緑区の一部は商工会の地区となっています。
個人事業主の場合は、開業届に記載した住所だけで判断せず、実際の事業所の所在地をもとに窓口を確認すると安心です。
店舗など複数の事業所がある場合は、事前に窓口へ確認しましょう。
名古屋市内のどの窓口が管轄になるか迷う場合は、申請準備を始める前に、名古屋商工会議所や各商工会へ問い合わせておくと安心です。
豊橋市・岡崎市・一宮市・豊田市・春日井市など、名古屋市以外の愛知県内で事業をしている方も、事業所を管轄する商工会議所または商工会が相談・様式4の発行窓口となります。
●参照：名古屋商工会議所
●参照：愛知県 小規模事業経営支援事業費補助金に係る商工会及び商工会議所の2026年度事業計画の概要について
申請の大まかな流れは、次のとおりです。
- GビズIDプライムを取得する
- 事業計画（様式2）を作成する
- 管轄の商工会議所・商工会に様式4の発行を依頼する
- 申請締切までに電子申請する
- 採択後、見積書等を提出して交付決定を受ける
- 補助事業を実施し、実績報告書を提出する
- 補助金額の確定後に請求し、補助金が交付される
- 事業効果報告書を提出する
2026年10月時点で申請できる第20回（通常枠）・第4回（創業型）の主な日程は、次のとおりです。
| 項目 | 日程 |
| 申請受付 | 2026年11月5日～12月15日17時 |
| 様式4の発行受付締切 | 2026年12月4日 |
| 採択結果の発表 | 2027年3月頃（予定） |
| 補助事業の実施期限（第20回・第4回） | 2028年3月31日 |
| 実績報告書の提出期限（第20回・第4回） | 2028年4月10日 |
2027年の次の公募（第21回）の日程は、2026年10月時点では発表されていません。
次回も同じ時期に公募されるとは限らないため、申請を検討している方は第20回の締切を確認しておきましょう。
●参照：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 第 20 回公募 公募要領
●参照：小規模事業者持続化補助金＜創業型＞ 第 4 回公募 公募要領
4.対象経費は販路開拓につながる支出に限られる
持続化補助金で補助されるのは、経営計画にもとづいて行う販路開拓等の取り組みや、それとあわせて行う業務効率化に必要な経費です。
事業に使う支出なら何でも対象になるわけではありません。
フリーランスが使いやすいのは広報費・ウェブサイト関連費・委託・外注費
フリーランスの場合、チラシやパンフレットなどの広報費、ホームページ制作などのウェブサイト関連費、専門業者に依頼する委託・外注費などが活用を検討しやすい経費です。
ただし、ウェブサイト関連費は単独で申請できず、上限も設けられています。
「ホームページを作り直したい」という計画だけでは申請できないため、ほかの販路開拓の取り組みと組み合わせる必要があります。
対象経費やウェブサイト関連費の上限など、細かなルールは公募要領で確認し、判断に迷う場合は管轄の商工会議所・商工会に相談しましょう。
●参照：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 第 20 回公募 公募要領
パソコンや交付決定前の支出は補助対象にならない
持続化補助金では、次のような支出は補助対象になりません。
- 汎用性の高い機器： パソコン、タブレット、スマートフォン、PC 周辺機器、カメラ、自動車などは、補助事業以外にも使用できる物品として、原則として補助対象外です。
- 交付決定前の支出： 交付決定日より前に発注・購入・契約などを行った経費は補助対象外です。
- 補助事業と関係のない経費： 通常の事業活動にかかる経費など、補助事業に必要と認められないものは補助対象外です。
「採択されたから、もうホームページ制作を発注していい」と考えて、交付決定前に制作会社へ発注・契約してしまうと、その費用は補助対象になりません。
5.フリーランスがつまずきやすい資金繰りと採択率
持続化補助金は、制度を理解して申請しても、「補助金が入るまでの資金繰り」と「審査を通過できる事業計画」の2点でつまずくことがあります。
【補助金は後払い】先に経費を立て替える必要がある
持続化補助金は、補助対象経費を支払った後、実績報告などの手続きを経て補助金が支払われる後払い（精算払い）の制度です。
例えば、補助対象経費が75万円で補助率が3分の2の場合、補助額は最大50万円です。
ただし、事業を実施する際には、いったん75万円を自分で支払う必要があります。
そのため、申請前に補助対象経費を支払えるだけの手元資金があるか、補助金が入るまで事業資金が不足しないかを確認しておきましょう。
●参照：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 第 20 回公募 公募要領
【採択率は5割弱】計画の数字には根拠を持たせる
2026年7月29日に発表された第19回（一般型・通常枠）の結果は、申請16,576件に対して採択7,819件、採択率は47.2％でした。
申請した事業者の半数以上が不採択となっています。
計画書の売上目標などは、過去の売上や客単価、販売数などの実績をもとに、なぜその数字を目標とするのか、具体的な根拠を示すことが重要です。
帳簿などで確認できる実績を活用すると、計画の実現性を説明しやすくなります。
●参照：独立行政法人中小企業基盤整備機構「小規模事業者持続化補助金」一般型＜通常枠＞（第19回締切）の採択者が公表されました
名古屋・愛知で補助金の申請を考えていて、立て替えの資金繰りが不安な方や、計画書に入れる売上の数字に自信がない方は、早めに専門家へ相談するのがおすすめです。
名古屋市中区の山本聡一郎税理士事務所では、開業間もない方の資金計画や、帳簿をもとにした売上・経費の数字の整理を無料相談で承っています。
申請準備を始める前に、お気軽にご相談ください。
6.補助金は収入として申告が必要
個人事業主が事業に関連して受け取る補助金は、原則として事業所得の収入金額に含めて所得税を計算します。
なお、法人の場合は法人税の計算に含めます。
ここでは、個人事業主の場合を中心に、補助金の計上方法と仕訳、固定資産を取得した場合の特例について、税理士の立場から解説します。
補助金は雑収入｜計上時期は入金日とは限らない
国税庁は、事業に関連して国や地方公共団体などから支給を受けた助成金等で、非課税とされないものについて、その金額を「雑収入」に含めるとしています。
所得税では、原則として、その年に「収入すべき権利が確定した金額」を収入金額に算入します。
そのため、持続化補助金も、採択された年や実際に入金された年だけで機械的に判断することはできません。
持続化補助金は、採択後に交付決定を受けて事業を実施し、実績報告などを経て補助金額が確定する流れです。
具体的な計上時期は、交付条件や事業の状況を踏まえて判断しましょう。
●参照：国税庁 確定申告書等作成コーナー 雑収入とは
●参照：国税庁 No.2200 収入金額とその計算
消費税は不課税なので補助金を課税売上にしない
国や地方公共団体から受け取る対価性のない補助金等は、消費税の課税対象ではなく、不課税です。
これは個人事業主・法人に共通する取り扱いです。
そのため、持続化補助金を課税売上として処理することはできません。
●参照：国税庁 No.6157 課税の対象とならないもの（不課税）の具体例
仕訳例：補助金40万円の額が確定し、翌月に入金された場合
補助金額が確定したとき
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 |
| 未収入金 | 400,000円 | 雑収入（不課税） | 400,000円 |
入金されたとき
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 |
| 普通預金 | 400,000円 | 未収入金 | 400,000円 |
補助金額の確定と入金が年をまたぐ場合など、具体的な収入計上時期は状況によって異なります。
前述のとおり、入金日だけで判断しないよう注意しましょう。
NG例：補助金を「売上高・課税売上」として処理する
実務でよく見られる間違いとして、税理士の立場からお伝えします。
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 |
| 普通預金 | 400,000円 | 売上高（課税売上10％） | 400,000円 |
この処理では、補助金を商品の販売やサービス提供による売上と同じように扱ってしまいます。
会計ソフトで仕訳を入力する際は、補助金の消費税区分を誤らないよう注意しましょう。
※持続化補助金は事業所得の計算に含まれるため、住民税や国民健康保険料などに影響する場合があります。
実際の影響額は、他の所得や控除、自治体の制度などによって異なります。
固定資産の購入分は総収入金額不算入の特例が使える場合も
個人事業主が持続化補助金を使って機械装置などの固定資産を取得・改良した場合、一定の要件を満たせば、「国庫補助金等の総収入金額不算入」の特例を利用できます。
この特例を適用すると、固定資産の取得や改良に充てた補助金のうち一定額を、その年の総収入金額に算入しないことができます。
その代わり、固定資産の取得価額から、総収入金額に算入しなかった補助金の額を差し引きます。
つまり、補助金そのものを非課税にする制度ではなく、その年の課税を抑える一方、固定資産の取得価額や将来の減価償却費を小さくする仕組みです。
なお、広報費、ウェブサイト関連費、展示会出展費、旅費、委託・外注費など、固定資産の取得・改良に該当しない経費に充てた補助金には、この特例は使えません。
●参照：国税庁 No.2202 国庫補助金等を受け取ったとき
この特例を利用するには、確定申告書に「国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書」を添付して提出する必要があります。
●参照：国税庁 国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書【令和５年分以降用】
※ここまでは個人事業主の場合の取り扱いです。
法人の場合、補助金は原則として法人税の益金に算入し、固定資産を取得したときは、一定の要件のもとで「圧縮記帳」により処理します。
法人で補助金を受け取った場合は、決算前に顧問税理士へ確認しましょう。
名古屋・愛知で補助金を受け取る予定があり、仕訳や確定申告の方法に不安がある方は、税理士に相談すると安心です。
名古屋市中区の山本聡一郎税理士事務所では、freee・マネーフォワードなどのクラウド会計を使った補助金の会計処理や確定申告を無料相談で承っています。
採択が決まった段階でご相談いただくと、記帳から申告までスムーズに進められます。
7.小規模事業者持続化補助金に関するよくある質問
最後に、持続化補助金について個人事業主やフリーランスの方からよく寄せられる疑問をまとめました。
副業での申請や、補助金の会計処理、計画の作り方に悩んでいる方は参考にしてください。
Q1. 会社員の副業でも申請できますか？
会社員として給与を受け取りながら、個人事業主として事業を行っている場合でも、持続化補助金の対象となる可能性があります。
ただし、会社員の副業だから対象になる、あるいは開業届を提出したから申請できるというものではありません。
小規模事業者としての要件を満たし、事業者としての実態があることなどが求められます。
- 令和２年確定申告書に追加された「業務」とは？事業所得と雑所得の違い
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(h3)Q2. 過去に受け取った補助金を「売上」として計上してしまいました。どうすればいいですか？
所得税については、売上も雑収入も事業所得の総収入金額に含まれるため、勘定科目の違いだけで所得税額が変わることは通常ありません。
注意が必要なのは、消費税の課税事業者の場合です。
補助金を「課税売上」として処理していると、本来は不課税の補助金にも消費税を計算してしまい、消費税を納めすぎている可能性があります。
納めすぎた税金は、原則として法定申告期限から5年以内であれば、「更正の請求」という手続きで取り戻せる場合があります。
また、補助金を計上する年を誤っていた場合は、修正申告や更正の請求が必要になることもあります。
過去の申告を訂正する場合は、自己判断せず税理士に相談しましょう。
●参照：国税庁 No.2026 確定申告を誤ったり、提出を忘れたりしたとき
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2026.htm
(h3)Q3. 経営計画や補助事業計画は、どうやって作ればいいですか？
経営計画や補助事業計画は、公募要領で定められた様式に沿って、事業者自身が作成します。
作成にあたっては、管轄の商工会議所・商工会に相談しながら進めるのが基本です。
事業支援計画書（様式4）の発行を依頼する際にも計画の内容を確認してもらうため、早めに相談しておくとスムーズです。
売上目標などの数字については、帳簿の実績をもとに根拠を整理しておくことが大切です。
数字の整理に不安がある場合は、日頃の記帳や決算を見ている税理士に相談するのもひとつの方法です。
(h2)まとめ
持続化補助金は、申請前の資金計画から受け取った後の確定申告まで、お金の判断が続く制度です。
制度の細かな要件は管轄の商工会議所・商工会に、補助金の会計処理や確定申告は税理士に相談しておくと安心です。
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✔ ITに強く、経理のデジタル化・効率化をご提案
※本記事の補助金・税制情報は2026年10月時点の情報に基づいています。
※補助金の申請要件や手続きの詳細は、最新の公募要領を確認のうえ、管轄の商工会議所・商工会にお問い合わせください。
※税務上の取り扱いは、個別の状況によって異なる場合があります。
山本聡一郎税理士事務所 代表税理士。1982年7月生まれ。名古屋市中区錦（伏見駅から徒歩３分）にてMBA経営学修士の知識を活かして、創業支援に特化した税理士事務所を運営。クラウド会計 Freeeに特化し、税務以外にも資金調達、小規模事業化持続化補助金などの補助金支援に力を入れている。
